Åkerfräken är närmast omöjlig att utrota utan att ta till kemiska bekämpningsmedel, typ Roundup. Även där är effekten begränsad. Jordbruksverkett skrev så här 2005:
CITAT
Åkerfräken
(Equisetum arvense)
Åkerfräken är en flerårig kryptogam, dvs. den sprids med sporer och inte med frön som alla andra av våra åkerogräs gör. Den har ett mycket djupt gående och omfattande system av stamutlöpare (rhizom) som till stor del ligger under normalt plogdjup. Djup tallriksharvning räcker inte till för att bekämpa åkerfräken, men den hämmas av jordbearbetning och plöjning. Arten kan därför bli ett stort problem där reducerad jordbearbetning tillämpas. Den hävdar sig bäst på vattensjuka och/eller packningsskadade mineraljordar, därför är ett väl fungerande dräneringssystem en grundförutsättning för att få bukt med åkerfräken.
För kemisk bekämpning av åkerfräken har glyfosat-preparat en viss långtidsverkan, jämfört med exempelvis MCPA som ger god verkan på årsskotten men dödar inte rotsystemet. Svårigheten är att få en tillräcklig mängd preparat att tränga in i plantan eftersom det i den yttre cellvävnaden finns en stor mängd kiselsyra inlagrad vilket gör stammen mycket sträv. En sargning av åkerfräken innan en bekämpning med glyfosat gynnar därför effekten.