Det finns ett ytterligare problem som man dock sällan pratar om. Den utrotning som just nu pågår och som människan står för innebär inte bara att vissa arter dör ut utan även att det sker en allmän "homogenisering" av den genetiska mångfalden. Detta beror bland annat på att vi skapar en värld som ser mer och mer lika ut överallt på jordklotet vilket i sin tur bara gynnar vissa gener medan en stor mängd andra gener försvinner. Ytterligare en orsak är att de flesta arter får allt mindre populationer och därigenom förlorar genetisk variation (några arter ökar visserligen men det är långt färre än de som minskar). Förlusten i genetisk mångfald syns inte lika tydligt som att enskilda arter försvinner men är oerhört allvarlig (och förmodligen mångdubbelt mycket större än förlusten av arter). Man kan fråga sig om något liknande någonsin tidigare har skett i samband med stora utdöenden?
Variation är livets allra viktigaste grundsten eftersom det är detta som gör det möjligt att anpassa sig till en föränderlig och kaotisk framtid (det enda vi kan vara säkra på är att framtiden kommer att vara annorlunda än nutiden - det är ju bland annat därför vi inte lever för evigt utan hela tiden skapar nya avkommor där generna är omkombinerade med hjälp av sex). Nästa gång en stor katastrof inträffar (klimatförändringar, asteroidkrock etc) så riskerar förutsättningen för att livet snabbt ska kunna återhämta sig igen att vara kraftigt reducerat på grund av förlusten av variation (förlust både i form av arter och gener). På köpet får vi också ett allt mer instabilt ekosystem med liten buffertförmåga även mot små förändringar (Tulipanaros beskrev detta bra i sitt inlägg). Samtidigt håller vi på att skapa en global ekonomi som blir allt mer specialiserad och känslig för förändringar - inte en bra kombination!