Tyvärr lär de nya plantorna få kräftan med sig via ympkvistarna.
Är kräftan så utbredd som det verkar på din beskrivning så brukar man rekommendera att ta bort träden. Jag förstår dock att du vill ha sorterna kvar. Det brukar ofta anordnas en del trädgårdsaktiviteter på höstarna med äppelexperter där man kan ta med sig äpplen och få dem namngivna. Så brukar det anordnas sådana aktiviteter i närheten där du bor har du chans att få ett namn på sorten och då vet du vilken sort äppelträd du ska jaga rätt på.
Annars så skulle nog rekommendera att plantera mer motståndskraftiga sorter + ev. dränera marken (ofta får man mycket kräfta ifall jorden är för dåligt dränerad).
Cilla har bra info om kräfta på sin hemsida här är länk:
http://www.juniper.se/tradvard/krafta.htm#krafta