Jag skulle skära till ett par paprikor, en gul & en röd. Jag upptäckte de här "felen" på dem:

Den gula paprikan:
Det var en grön utväxt inuti, förutom delen med kärnhuset som brukar sitta där. Den gick att skära bort utan att det blev något synligt kvar.

Den röda paprikan:
Det var en skrovlig yta på insidan av det röda "köttet".

Tror ni det kan vara farligt att äta dem?

Nu till frågan om omeletten:

Måste man tillaga hackad lök & paprika som man ska ha i en omelett innan man lägger dem i omelettsmeten?

Nej, det är säkert inte farligt. Jag tycker det är vanligt att det finns en utväxt inne i paprikorna och den skrovliga ytan är väl att dom är olika grova i fruktköttet.
Om du vill steka lök och paprika före är helt en smaksak om du vill ha grönsakerna riktigt mjuka eller inte. Tunt strimlad lök går säkert bra rå, men med större bitar hinner varken den eller paprikan bli färdig i en omelett.

Nej det är inget farligt att äta de paprikorna.

Rå lök tror jag kanske kan bli konstig ifall man inte fräser på den några minuter först men paprika funkar ju bra äta rå /al dente/välstekt så där är det väl bara en smaksaksfråga