Tror inte det spelar så stor roll egentligen, växter har ett hormon som gör att roten strävar efter att växa i riktning med jordensdragningskraft medan toppen strävar att växa mot gravitationskraften.
Men det kanske är lika bra att sätta den på bästa möjliga sätt?

När ekollon faller ner från en ek så tror jag att de flesta blir liggandes på sidan, är nog få som ställer sig upp, så jag skulle prova med att sätta dem liggandes på sidan.
Dessutom ger ju det fri väg för både roten och toppskottet.