Det finns ingen anledning att ta bort allt om det är plats för ett fruktträd ni vill ha på platsen. Ett multnande rotsystem är en bra växtplats för ett nytt träd.
Den grop ni gräver för det nya trädet behöver inte vara rund, det nya trädets rötter letar sig dit det finns god, näringsrik jord. Om ni gräver med mindre spadar kan ni säkert luckra upp också mellan cypressens rötter i närheten av det hål ni gräver för att sätta ned det nya trädet.
Har skrivit mer om plantering av fruktträd här
http://www.juniper.se/tradvard/plantering2.htm.