Om "möglet" är grönt och som en tunn beläggning så är det sannolikt inte mögel utan alger ... dom älskar fukt, värme och näringsrikt vatten ... helt ofarligt !!
Läste kanske ditt första inlägg slarvigt ... alger älskar att växa på perlit, dom gillar den kombinationen av luft och fukt. Precis som chilirötterna.
Din vattningsteknik, att sänka dem är helt OK. Mycket bättre än att gå och skvätta på dem varje dag.
Vill du kolla rötterna så lägg handen över krukan, med stammen mellan ring- och långfinger, vänd upp-å-ner, banka lite försiktigt i botten och lyft krukan. Då ser du om rötterna är vita och fina mot krukytan.